福建農(nóng)林大學(xué)在福建省屬高校中率先開展研究生教育，率先獲得國家重點學(xué)科、碩博士學(xué)位授予權(quán)、一級學(xué)科博士點、博士后科研流動站，率先獲得國家百篇優(yōu)秀博士論文。據(jù)2014年4月學(xué)校官網(wǎng)顯示，學(xué)校共有2個國家重點學(xué)科（含培育）、3個部委重點學(xué)科，3個省優(yōu)勢學(xué)科創(chuàng)新平臺（含培育）、9個省特色重點學(xué)科、21個省級重點學(xué)科；設(shè)有博士后科研流動站11個、一級學(xué)科博士點11個、一級學(xué)科碩士點23個，均居全國省屬農(nóng)林院校第2位。在2012年全國第三輪學(xué)科評估中，1個學(xué)科進(jìn)入全國前5名，4個學(xué)科（植物保護(hù)、林學(xué)、林業(yè)工程、風(fēng)景園林學(xué)[6-9]     ）進(jìn)入全國前10名，8個學(xué)科進(jìn)入全國前20名。

博士后科研流動站

園藝學(xué)（1998年）、作物學(xué)（1999年）、植物保護(hù)學(xué)（1999年）、林學(xué)（2007年）、農(nóng)林經(jīng)濟(jì)管理（2007年）、食品科學(xué)與工程（2007年）、生物學(xué)（2009年）、林業(yè)工程學(xué)（2009年）、生態(tài)學(xué)（2012年）、風(fēng)景園林學(xué)（2012年）、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境（2012年）[10-20]            

重點學(xué)科

國家級重點學(xué)科（1個）：植物病理學(xué)

國家級重點（培育）學(xué)科（1個）：作物遺傳育種

農(nóng)業(yè)部重點學(xué)科（2個）：植物病理學(xué)、作物遺傳育種

國家林業(yè)局重點學(xué)科（1個）：森林培育[21] 

福建省省級重點學(xué)科（21個）：植物保護(hù)、作物學(xué)、林學(xué)、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、園藝學(xué)、農(nóng)林經(jīng)濟(jì)管理、林業(yè)工程、生物學(xué)、食品科學(xué)與工程、生態(tài)學(xué)、風(fēng)景園林學(xué)、畜牧學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、馬克思主義理論、農(nóng)業(yè)工程、公共管理、環(huán)境科學(xué)與工程、統(tǒng)計學(xué)、交通運輸工程、機械工程、工商管理

福建省特色重點學(xué)科（9個）：林學(xué)、園藝學(xué)、農(nóng)林經(jīng)濟(jì)管理、林業(yè)工程、生物學(xué)、生態(tài)學(xué)、食品科學(xué)與工程等